物理主义的一个代表是蒯因，他把物理主义当做一种形而上学，在《科学的范围和语言》一文中，他写道：“我是坐落在物理世界中的一个物理物体。该物理世界中的一些力量作用于我的体表，光线冲击我的视网膜；分子轰击这我的鼓膜与指尖。我回击，释放出同心圆状的空气波。这些空气波表现为关于桌子、人、分子、光线、视网膜、气波、质数、无穷集、喜与悲、好与坏的话语洪流。”在叔本华看来，这种观点完完全全是一种臆想。它的错误是遗忘了观念论的第一个真理。叔本华阐述道：认识作用，在唯物论的出发点——纯物质已经被假定为不可少的条件了（因为唯物论总想把一切事物都还原到最基本的力和纯物质那里去）。当我们自以为是在同唯物论一道思维着物质时，事实上这所思维的并不是别的，反而是表象着这物质的主体；是看见物质的眼睛，是触着物质的手，是认识物质的悟性。由此看来，唯物论基本的荒唐之处就在于从客体事物出发，在于以一种客体事物为说明的最后根据。（这客体事物可以是只被思维而在抽象中的物质，也可以是已进入认识的形式而为经验所给予的物质或元素，如化学的基本元素以及初级的化合物等。）如此之类的东西，唯物论都看作是自在地、绝对地存在着的，以便从此产生有机的自然，最后还产生那有认识作用的主体；并以此来充分说明自然和主体。事实上是：一切客体事物，既已作客体论，就已是由于认识着的主体通过其“认识”的诸形式从多方加以规定了的，是早已假定这些形式为前提了的。有一客体就必有一主体。因此，如果人们撇开主体，一切客体事物便完全消失。如果没有主体，我们对客体就说明也不能说。例如在蒯因的引文中，人随手的动作一般不会引起波，只会引起空气的湍流，要产生波，就必须产生声音。即使如此，波也不是同心圆状的·。点源产生的波是同心圆状的，而要对人手这样复杂的物体产生的声波需要用积分来计算。所以说，对于一切客体，要真正的去看、去感知、去探究才能知道它究竟为何。而所谓脱离了主体的客体，不过就是一种狂妄的臆想罢了。
在叔本华看来，科学不是一个金字塔般的层层森严的结构，而是系于不同事物的”气球“。因为科学恰恰是为了解决实际问题而发展出来的。具体的、表现为不同层次不同方面的实际问题才是科学实在性的保证。生物学就是为了解决实际的动植物的生理机能问题而发展起来的，即使它可以被化学完全还原，它不需要从化学那里获得实在性。因此，唯物主义天生就具有的还原论倾向不仅在实践上是困难的，而且也是脱离科学自身发展规律的玄思。
按照叔本华的说法，唯物主义无非是“在计算中忘记自己的主体的哲学”。人类想掌握大自然需要计算，自然界本身却无需计算。视频中的音频和画面需要程序来保证同步，自然界需要吗？因此，康德说：“人的认识和实在绝不可能是同质的。”马赫也认为，科学只能把我们通过感官所了解的自然界构成模型，而绝非是自然界的最后真理。
由于自然科学一定带有浓重的决定论色彩，所以说，唯物论者很容易引发出一种关于自由意志的困惑。决定论巧妙地避开了上述关于唯物和唯心的争论，因为它不关心人的思想、人的认识过程，而是把重点放在人的行为。决定论迫使人认识到，身体也是一种实在。在这里，唯物主义总是要支支吾吾。许多唯物论者拿测不准原理来当他们的挡箭牌。因为人的身体严格受到因果关系的制约，自由意志要跳脱出我们物理认知的因果律，所以把意识穿凿附会到测不准原理上去；但是测不准原理只是拒斥了机械决定论，而带来了概率决定论。这种推脱和挡箭牌不能解决任何问题。
这一个在几百年来困惑无数唯物论者的，使人们犹疑不定、难以决断的问题，却已经在叔本华的书中以最明白清楚的方式讲述过了。叔本华通过引入“意志”来解决决定论的问题。
二、论自然界中的意志——叔本华如何从自然科学引入“意志”
叔本华断言：经验从总体上讲，要从形而上学得到解释。
叔本华区分自然科学中的两个方面，一是纯粹表象，它没有经验的内容，只与我们理智的纯形式打交道，这就是数学和逻辑学。二则是经验内容；我们发现，从研究最基础自然力的物理学，到对人的行为的研究，现象中的经验内容逐渐占优势，越来越难以运用数学和逻辑学来描述；以至于到了最后，数学形式都不得不废弃了。
在自然力最低的台阶——物理学中，原因和结果完全同质。概括地说，物理学构建的只是第一个静止的超感性世界。在经典物理学中，时间可以被完全取消，作为三维世界的第四轴，或者是广义坐标之外的n+1轴，甚至时间也可以作为广义坐标。物理现象完全可以被理解为四维时空中的曲线，或者是相空间曲面上的轨迹。碰撞的小球被抽象为质点，物理学要做的只是给出v-t图，“碰撞”这种概念是不需要的。不存在“一个小球撞上”为因，“另一个小球被撞”为果这样的表述。因和果的质完全相同，以致于因果关系本身都可以被取消。但是，人却可以分辨出这种因果，这是为什么呢？
随着存在等级的上升，自然科学中数学的处理不得不废弃了，因为到了化学和生物学研究的自然现象中，内容比形式更占优势。原因与结果越来越分离，因果关系的可理解性也就越来越少。因果关系被厚重的面纱所遮蔽，随着等级的上升，结果似乎包含的越多，而原因似乎包含的越少。在生物学中，因果关系表现为刺激与刺激的感受性，刺激结果的扩大与刺激本身的增加不成比例，原因和结果已经大相径庭。因果之间不仅没有质的相似，也没有量的关系。
当我们到达有认识的生命领域时，行为和作为动机的表象，没有任何种类的相似性，最后抵达理性生物——人时，动机不再是目前的、直观的、现实的、实际存在的东西。因果关系此时对我们来说比任何时候都难理解，留下的只是因果关系的图示。
为了理解我们的表象，我们必须用因果律统帅我们所观察到的整个世界。但是因果律不能解释的是，世界为什么是有，而不是无。任何物理学都必须有预设，比如重力。牛顿力学中，预设是两个物体之间存在万有引力；在广义相对论里，预设是质量会扭曲空间，物体则沿着四维时空中的测地线运动；在弦论里面，对质量来源，对引力，或许还有更深的解释，但是它一定会先预设相互作用的存在。但问题是，世界为什么是有相互作用，而不是无相互作用？
从物理学到对人的动机的研究，理智之光逐渐变弱了。但同时另一方面的光线（内在的审视给我们带来直接的资料）却逐渐强烈。观察者完全从另一个方面，从内在的自我中获得了直接的资料，知悉了它们中的动因就是意志。叔本华说：“我们这些审视者，在这里碰巧成为被审视的客体。”我们对它的认识的比外部直观所能提供的任何东西都更对，更深刻。一个X，存在于因果解释不及的未知（因果甚至不能照亮由重力吸引物体的内部）。随着等级的提高，因果解释出来的范围越来越小，X却作为意志而显现出来。
其他哲学家认为，保障我们世界运行的终极力量，一定是一种全知全能的东西，他们叫做上帝。但是叔本华恰恰相反，他认为，“知”和“能”是属于人类的东西，只是我们的表象，世界运行的终极能量一定是与“知”和“能”异质的东西——意志。
意志是：外在于我们以语言为基石的思维领域，而决定前者的力量或冲动。我们对于意志有一种直接的意识。那么，回到上面的问题，为什么世界是有相互作用，而不是无？
如果我问你，你为什么抬起你的手，你难道要回答，是钠钾泵传导的神经信号到了手臂，肌肉群的收缩把线粒体里的化学能转化为动能，又克服重力做功变为势能？对你而言，手绝不是一个漂浮于眼前的物体，绝不是一堆运动感觉信号的集合!对，是你决定要把手抬起来，你意欲这样做。你绝不仅仅是一个观察者。你从来生活在现象的激流之中，是你决定要把钠钾泵打开，是你决定要把肌肉收缩，是你是你决定要传递动能！但这不是你的思维，你的意识操控的。是意志！是意志让事物发生相互作用，因为它就是那真正实在之物，就是自在之物；这不是某人的意志，而是整个世界的意志，它从来只有一个!意志在上，就让现象奔涌吧!
三、叔本华式的哲学史叙述
叔本华通过哲学史进一步讨论了“意志”和“自在之物”的关系。
发现“自在之物”的历程就如同剥洋葱。被剥下来的是属于主体的，进一步说，是我们表象的结构。而剩下来的，就是诸多哲学家孜孜以求的“自在之物”，就是那独立于主体的，真正实在的东西。
在洛克那里，他把自在之物和现象区分为第一性质和第二性质；第一性质是空间及与时间合起来的实体概念，第二性质是颜色，气味，声音....这些性质有依赖于主体去看，去闻，去听。洛克认为第一性质就是是自在之物。
在此基础上，康德更进一步，论证了时间和空间是人类认识的先验结构。而剩下的，根据康德，已经不能再包含任何内容，只能是一个X，这就是自在之物。
叔本华批评康德的划分方法，就如同康德批评洛克一样。叔本华指出了康德哲学的致命问题：自在之物的根据不出自康德自己提出的原则。康德从表象出发，借先验法则推导自在之物，但先验法则无论如何都不可能引向独立于现象的东西。舒尔策的怀疑论著作《埃奈西德穆斯》最先提出了这一观点。这本著作启发了费希特和叔本华从不同的角度来批判康德哲学。
叔本华指出,经验知识的成分来自两个方面：一是主体：主体带来经验中的先验形式；二是客体：因为实体世界的本质不是我们可以先验确定的，经验知识的内容是来自于客体。
先验的形式没有差别地属于所有作为现象的事物。但事物却有很多差别——这差别正是来自自在之物。但是，所谓的知识的客观源头，其实也是我们的感官感觉；无非是视网膜上的像、听觉神经和触觉神经的冲动。感官接收到的，是确定的、不是主体随意的，通过因果律就显为外在之物。但感官也是主体的，因果律也是主体的，那素材和形式都源自主体，（就如同缸中之脑的怀疑论），这一途径决不能抵达自在之物。
所以，外在之物也不是自在之物！因为有感官感觉，洛克根据因果律，才推出外在，也就是自在之物——因为在洛克那里，因果律是绝对的和客观的。而在康德哲学中，因果律也属于主体，所以推出的外在也只能属于主体，是现象，永远不可能是自在之物，康德哲学在此处就捉襟见肘了。
叔本华最后总结说，不能从表象出发，而要从被表象者——身体出发。身体一方面在空间中显现为表象，又向自我意识表明这是意志。为了思考自在之物，要用认识主体对自身的意识阐释对其他事务的意识。这就是上文所论证的《自然界中的意志》引导我们走向意志的方法。在他的哲学史叙述中，叔本华所做的不过是把前人的所谓“自在之物“又剥了一层皮罢了，而剥下的那层皮又将成为我们某种意识的结构——这就是意志。
四、叔本华哲学和唯我论的区别
唯我论怀疑外在一切价值和规矩，只遵从自己内心的欲望形式。而唯我论与意志哲学不同在于：后者虽然也承认性欲和食欲乃是实在的一种显现形式，但绝不会认为它们就是有价值的。因为怀疑外在而去追求欲望，在后者眼中其实也是缺少反思的一种自我感动。
如果抛去叔本华那超验的同情心建立起来的道德基础（因为现代科学发现同情心有经验的基础），意志哲学有可能走向两个价值倾向：
第一，价值虚无主义者，取消价值（will for nothing）。价值虚无主义者认为欲望对人的驱动力不过如同对行尸走肉的驱动力一样。同样，通过对动因的分析，价值虚无主义者会取消欲望的价值。
第二，意志的肯定者。他蔑视肉欲，如同他蔑视一切的世俗规则。他是超人，他虽然不在意外界的框框架架，但他会自己定义价值，当然也不会走向唯我论。
唯我论是怀疑论的实际版本，其实它已经触摸到问题的实质了。唯我论的失败，在于它的怀疑论还根本不够彻底。笛卡尔式的缸中之脑怀疑论质疑现实世界的真实性，又抛弃了一切上帝，竟然说它还不够彻底吗？没错！这样的怀疑论终究没有浸透反思的泉水，它在自我怀疑和自我指涉的问题上，同义反复、浅尝辄止。
“世界是可疑的，但怀疑着的思维是无疑的。”
“怀疑着的思维是可疑的，但怀疑着‘怀疑着的思维’的思维是无疑的。”笛卡尔式的怀疑论如此说道。
然而，如同叔本华的如炬慧眼所看到的那样，问题的关键在于“外在世界”与思维的另一个关系——“外在世界”是否会决定思维。无论如何否定外在现象，思维的内容却总是被外在现象充斥。思维并不是一个冷静的旁观者，它没有站在世界之外。因此，哪怕理性也是值得怀疑的。理性不是某种普遍的东西，不过也是循因果律产生的思维罢了。
所以叔本华手一用力，直接将实在扔到了思维领域之外的意识中：如果前者怀疑一切世界，而肯定思维，那么叔本华连思维也怀疑，为自在之物找到了真正的归宿——意志。如果说前者引入了人生态度上的悲观主义，那么叔本华就引入了超越和绝对的悲观主义，超越和绝对的怀疑，摒弃了一切理智之光，走入纯粹的黑暗之中。在理智看来，这虚空中什么也没有。但是，如同那不勒斯的洞穴一样，一转眼间，意志之光竟然照亮了全部的路。怀疑就应该彻底，不仅要怀疑一切，还要怀疑怀疑本身，甚至怀疑“怀疑”时的方法。
在观念论哲学家出现之前，世界还沉沉地睡在夜幕之中；但自笛卡尔以来，观念论哲学如同闪电般击破了这夜幕，让无数人惊诧于这可怖的世界。康德的哲学或许在中世纪就有相似的观点，但由于叔本华的哲学史叙事中采用破除朴素唯物论为线索，因此康德尤为重要。康德的崇高地位也可能出于叔本华无神论的立场，他不满其他观念论者的哲学中“神”的在场，而康德的批判哲学，至少在叔本华看来，已经将上帝偷偷埋葬了。
五、叔本华的科学哲学与当代的科学哲学
亥姆霍茨在他的信件里批评黑格尔：“黑格尔的“同一性哲学”从一种假说出发，以为不但精神现象，就是实际世界--自然与人--也是创造性的心灵的一个思想活动的结果，它认为这个创造性的心灵在种类上与人的心灵相似。根据这一假说，人的心灵即使没有外界经验的引导,似乎也能够揣度造物者的思想，并通过它自己的内部的活动,重新发现这些思想。"同一性哲学"就是从这一观点出发，用先验的方法构造其他科学的成果。本来自然界的事实才是检验的标准。我们敢说黑格尔的哲学正是在这一点上完全崩溃的。他的自然体系,至少在自然哲学家的眼里,乃是绝对的狂妄。和他同时代的有名的科学家,没有一个人拥护他的主张。因此，黑格尔自己觉得，在物理科学的领域里为他的哲学争得像他的哲学在其他领域中十分爽快地赢得的认可,是十分重要的。于是，他就异常猛烈而尖刻地对自然哲学家,特别是牛顿，大肆进行攻击，因为牛顿是物理研究的第一个和最伟大的代表。哲学家指责科学家眼界窄狭;科学家反唇相讥,说哲学家发疯了。其结果，科学家开始在某种程度上强调要在自己的工作中扫除一切哲学影响，其中有些科学家,包括最敏锐的科学家，甚至对整个哲学都加以非难，不但说哲学无用,而且说哲学是有害的梦幻。这样一来,我们必须承认，不但黑格尔体系要使一切其他学术都服从自己的非分妄想遭到唾弃，而且,哲学的正当要求，即对于认识来源的批判和智力的功能的定义，也没有人加以注意了。
诺贝尔物理学奖得主温伯格指出：科学家会不时因相信从培根到库恩、波普尔这些哲学家所提出的过分简化的科学模型而受到桎梏。而科学史的知识是科学哲学的最好解毒剂。（now and then scientists are hampered by believing one of the over-simplified models of science that have been proposed by philosophers from Francis Bacon to Thomas Kuhn and Karl Popper. The best antidote to the philosophy of science is a knowledge of the history of science.）
许多的科学哲学理论，只不过是让科学和哲学两个领域更加剧烈地分离，而叔本华则不同，他本身就是从科学出发，构建起自己的哲学体系，他的哲学只是对现象的解释。一百年前叔本华关于科学的论述甚至要数倍地优于当代的科学哲学理论。
叔本华关于科学的讨论从因果律开始。
“厕所里有屎，就是有人没冲水。”这种因果律是要遭受科学的质疑的，因为这是在直观中通过知性把握的因果律。哪怕是一个物理学家，他以直观做出的判断，即使有理论支撑，即使看似合理，也不一定对真的。例如，自行车的平衡，许多物理学家下意识地认为这是角动量守恒的结果，然而实践说明恰恰相反。这意味着，通过研究、调查——理论——实践得到的因果律和支配着我们所有表象的因果律是两回事。后者，只是为了维护我们表象的完整，让我们理解世界。而前者则关乎实在，不能简单地从我们的表象中推出。
经验会带来很多的唯象理论，如实验常数和实验定律，而物理学定律充满了大量的抽象内容，其本身就蕴含着一种形而上的东西。物理学不是某些人理想中的经验科学，他们认为只要承认归纳和几条公理之后，就能从哲学中发展出一套体系，用以描述所谓的经验科学。然而物理学中充满了大量的形而上学的预设和哲学的内容。
比如，场。麦克斯韦不知道推迟势也不知道运动电荷的磁场就是电场的相对论效应，但它还是写下了完美适用于这些运动情况的麦克斯韦方程组。比如对于电场我们定义电势，对于磁场我们定义磁矢势。可是，电场，例如感应电场不也有旋度吗？不就不满足标势条件了吗？为什么不定义电矢势呢？为什么不把麦克斯韦方程写成对称的形式呢？如果存在磁单极子，那么就会有磁流。这样，电矢势的问题就不能避免了。但其实，我们会发现，在库仑力的定义中，我们已经把磁荷去掉了。试想，如果磁单极子存在，那么它们之间也会像电荷一样相互作用。在定义库仑力时，这样的可能性就被我们忽略了。事实上，可以证明，如果任何物质所蕴含的磁荷和电荷比例相同，那么根据麦克斯韦方程组的协变性，所有的物理现象和没有磁荷时将一模一样。（狄拉克所预言的磁单极子，是为了量子力学而引入的。不一定能被我们理解成电动力学里面的磁荷。）
所以，物理学定律里面有大量的哲学和形而上的内容，不是一种理想的经验科学。Nancy指出，物理定律的形而上属性，因此物理学没有他们宣称的那么绝对客观，却觉得这是出自于物理学家们朴素和懵懂的哲学倾向。
与其认为物理中的形而上成分是物理学家们浅陋的非法哲学运用，不如认为物理学家早已深思这个问题，这种隐喻的哲学用他们自己的方式获取实在性，而所谓的理想的“经验科学”只是哲学傲慢的judge.与其认为物理的实在性来源于归纳的力量，或支持归纳的哲学论证，不如认为物理学的实在性只发生在每一次实验物理学家思考物理理论，设计实验去验证并用之于指导实验时。
在叔本华的理论之下，如何确认物理学的实在性？意志只有“一个”，但它有着普遍的客体化。由于在我“身体”上发生着生物电化反应，因此，通过实验和理智探究得到的所有生物电化反应就都与之一致。意志的唯一性保证了其客体在进入表象时其表现形式也是一致的。同样，假设意志的运行背后是某种计算机程序，那么，世界的运行也是计算机程序。认为人的身体和外在世界截然不同，与“缸中之脑”的怀疑论没有任何区别。
