效率和效益是绩效目标制定的基本要求，二者既有联系又有区别。一般认为，效益是指做正确的事情，效率则是指做事情运用正确的方法。
效益比效率更重要，因为无论效率再高，只要所做的事情不对，其结果都会是无益劳动，而所付出的一切努力不过是一种浪费。追求效益必须考虑效率，讲求效益实现的速度问题；只追求效率而不计成本，这样的效率是没有现实意义的。
因此，在绩效评价时应当处理好二者的关系，实现高效率和高效益发展的有效结合。这也是项目高质量发展的基本内涵。
一、项目高效率并不等于高效益。效益比效率的内涵具有丰富性和复杂性，表现为项目效益要充分体现产出与规划目的需要间的契合度，包括经济效益、社会效益和生态效益。举一个简单的例子，产出指标从完成数量、质量和时效性方面皆满足要求， 但是从效益的层面看，有时候会表现出无经济效益只有社会效益或者生态效益，另一方面即使有经济效益但项目可持续不强，还有一种情况，上述各类效益都满足，但受益对象并不认可。由此可见，高效率不等于高效益，项目投入不能盲目地、片面地追求高效率，而是要追求能带来巨大效益的高效率发展，并体现出以人民为中心的新发展理念。
二、实现高效率运作。实现项目高效率发展，一个重要办法是分化和专业化、专门化，也就是加快分工与分化。 对于预算部门而言，分工就是要做好效率管理工作，分化就是运用资本运动规律解决资源配置效率问题。把高效率作为发展的根本要求，用高效率指导项目管理工作，在项目实施中注重资金管理和项目管理，并加强制度体系建设，以制度约束项目实施行为，来衡量管理工作成效。
在绩效评价时，应站在效益性和效率性两个原则上，设置以体现项目支出的关键指标体系。
